Πολύ κοντά η μία στην άλλη, οι λιμνοθάλασσες της περιοχής της Ροδόπης εκτείνονται δυτικά της Ισμαρίδας και βρίσκονται σε άμεση επικοινωνία με τη θάλασσα. Πρόκειται για τις λιμνοθάλασσες Έλος, Πτελέα, Αλυκή (Μέση), Αρωγή (Καρατζά) και Ξηρολίμνη (Φανάρι), οι οποίες περιβάλλονται από εκτεταμένα αλοέλη. Στη ζώνη που τις χωρίζει από τη θάλασσα, τα αμμώδη ή αμμοπηλώδη αλατούχα εδάφη καλύπτονται από μωσαϊκό βλάστησης, το οποίο, ανάλογα με την εποχή, αλλάζει αποχρώσεις. Κυριαρχούν οι αρμυρίθρες, που για πολλούς μήνες έχουν ένα βαθύ κεραμιδί χρώμα. Η ίδια βλάστηση περιβάλλει τις λιμνοθάλασσες με τη μορφή δακτυλίου. Εκτάσεις με βούρλα αναπτύσσονται σε θέσεις που συχνά πλημμυρίζουν από τα νερά της βροχής. Στις λιμνοθάλασσες έχουν καταγραφεί πάνω από 160 είδη πουλιών.
Απειλή για τις λιμνοθάλασσες αποτελεί ο αυξανόμενος παραθαλάσσιος τουρισμός κατά τους καλοκαιρινούς μήνες.
ΛΙΜΝΟΘΑΛΑΣΣΕΣ ΠΤΕΛΕΑ – ΕΛΟΣ
Ονομασία: ΛΘ Πτελέα & Έλος
Περιγραφή: Αποτελούν υγρότοπο διεθνούς σημασίας Ramsar Αποτελούν επίσης Τόπο Κοινοτικής Προστασίας (ΤΚΠ) για τύπους οικοτόπων και είδη φυτών και ζώων του Δικτύου NATURA2000 – Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ) – GR1130009. Αποτελούν επίσης Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για τα πουλιά Δικτύου NATURA 2000 GR1130010. Αποτελούν Καταφύγια Άγριας Ζωής των Περιοχών Λίμνης Πτελέας & Λίμνης Έλους. Καταλαμβάνουν 1092,24 Ηα. Έχουν συνολική περίμετρο (km) 23.0 και μέγιστο υψόμετρο (m) 10,0.
Στη λιμνοθάλασσα υπάρχουν είδη πουλιών που αναπαράγονται, όπως τα: Tadorna tadorna (Βαρβάρα), Glareola prantincola (Νεροχελίδονο) και Recurvirostra avosetta (Aβοκέτα). Το χειμώνα είναι σημαντική περιοχή για Tadorna tadorna (Βαρβάρα), κύκνους, Fulica atra (Φαλαρίδα) και όχι πολλές πάπιες. Επίσης είναι χώρος τροφής (ενδεχομένως και φωλιάσματος) για Phoenicopterus ruber (Φοινικόπτερο). Μια νησίδα στα ανοικτά είναι σημαντικός χώρος κουρνιάσματος για τα Falacrocorax carbo (Κορμοράνοι).
Αρμόδιος φορέας Διαχείρισης: Φορέας Διαχείρισης Δέλτα Νέστου-Βιστωνίδας-Ισμαρίδας
Χωροθέτηση: Βρίσκεται στο Δήμο Κομοτηνής.
Επισκεψιμότητα: Ανήκει στο Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας – Θράκης. (βλέπε σημείο 5 της παρούσας λίστας για την πρόσβαση στο Πάρκο).
Υπάρχει πρόσβαση στην λιμνοθάλασσα Έλος από Κομοτηνή- Νέο Σιδηροχώρι –Παγούρια –Μολυβωτή.
ΛΙΜΝΟΘΑΛΑΣΣΑ ΑΛΥΚΗ (ΜΕΣΗ)
Ονομασία: ΛΘ Αλυκή (Μέση)
Περιγραφή: Αποτελεί υγρότοπο διεθνούς σημασίας Ramsar. Αποτελεί επίσης Τόπο Κοινοτικής Προστασίας (ΤΚΠ) για τύπους οικοτόπων και είδη φυτών και ζώων του Δικτύου NATURA2000 – Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ) – GR1130009. Αποτελούν επίσης Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για τα πουλιά Δικτύου NATURA 2000 GR1130010. Αποτελεί Καταφύγιο Άγριας Ζωής Περιοχής Λίμνης Αλυκής. Καταλαμβάνει 614,52ha. Έχει συνολική περίμετρο(km) 11.5 και μέγιστο υψόμετρο (m) 10,0. Είναι ρηχή παράκτια λιμνοθάλασσα, που μέρος της χρησιμοποιείται ως αλυκή. Από το 1983 η περιοχή προσελκύει Φοινικόπτερα που αναμένεται να σχηματίσουν αποικία φωλιάσματος. Το χειμώνα η λίμνη είναι σημαντική για πάπιες και παρυδάτια πτηνά.
Αρμόδιος φορέας Διαχείρισης: Φορέας Διαχείρισης Δέλτα Νέστου-Βιστωνίδας-Ισμαρίδας
Χωροθέτηση: Βρίσκεται στο Δήμο Κομοτηνής
Επισκεψιμότητα: Ανήκει στο Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας – Θράκης. (βλέπε σημείο 5 της παρούσας λίστας για την πρόσβαση στο Πάρκο). Υπάρχει πρόσβαση στην Αλυκή από Κομοτηνή- Πόρπη –Γλυφάδα-Μέση-Παραλία Μέσης (Μεταμόρφωση).
ΛΙΜΝΟΘΑΛΑΣΣΑ ΞΗΡΟΛΙΜΝΗ (ΦΑΝΑΡΙ)
Ονομασία: ΛΘ Ξηρολίμνη (Φανάρι).
Περιγραφή: Αποτελεί υγρότοπο διεθνούς σημασίας Ramsar. Αποτελεί επίσης Τόπο Κοινοτικής Προστασίας (ΤΚΠ) για τύπους οικοτόπων και είδη φυτών και ζώων του Δικτύου NATURA2000 – Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ) – GR1130009. Αποτελούν επίσης Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για τα πουλιά Δικτύου NATURA 2000 GR1130010. Αποτελεί Καταφύγιο Άγριας Ζωής Λίμνης Ξηρολίμνης. Καταλαμβάνει 367,43 Ha συνολική περίμετρο(km) 9.0 και μέγιστο υψόμετρο (m) 1,0. Είναι παράκτια λιμνοθάλασσα. χωρίζεται από τη θάλασσα με μια αμμώδη ακτή.
Αρμόδιος φορέας Διαχείρισης: Φορέας Διαχείρισης Δέλτα Νέστου-Βιστωνίδας-Ισμαρίδας
Χωροθέτηση: Βρίσκεται στο Δήμο Κομοτηνής
Επισκεψιμότητα: Ανήκει στο Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας – Θράκης. (βλέπε σημείο 5 της παρούσας λίστας για την πρόσβαση στο Πάρκο). Υπάρχει πρόσβαση στην Ξηρολίμνη από Κομοτηνή-Γλυκονέρι – Φανάρι ή Κομοτηνή- Πόρπη –-Μέση- Αρωγή – Φανάρι. Η Αρωγή και το Φανάρι είναι συνεχόμενες παραλίες και ο δρόμος που τις ενώνει είναι παράλληλος με την Ξηρολίμνη.
ΠΕΡΙΟΧΗ ΝΥΜΦΑΙΑΣ
Ονομασία: Περιοχή Νυμφαίας
Περιγραφή: Υπάρχει Καταφύγιο Άγριας Ζωής «Περιοχή Νυμφαίας» 579,54 ha. Πρόκειται για βιότοπο αναπαραγωγής, διατροφής, διαχείμασης ειδών άγριας πανίδας (πτηνά & ζώα).
Υπάρχει περιαστικό δάσος (της Κομοτηνής) το Άλσος Νυμφαίας. Καλύπτεται κυρίως από πεύκα και είναι ιδανικός τόπος για περίπατο, άθληση ή ξεκούραση. Υπάρχουν διαμορφωμένοι χώροι με κιόσκια, τραπεζάκια, παγκάκια, πλακόστρωτα μονοπάτια, κλπ. Ο επισκέπτης μπορεί να απολαύσει μια ωραία θέα καθώς απλώνεται κάτω ο κάμπος της Ροδόπης με τα ποτάμια, που ρέουν προς το Θρακικό πέλαγος και προς τις λίμνες Βιστωνίδα και Μητρικού.
Αρμόδιος φορέας Διαχείρισης: Δ/νση Δασών Ροδόπης
Χωροθέτηση: Βρίσκεται στο Δήμο Κομοτηνής
Επισκεψιμότητα: Βρίσκεται βόρεια της Κομοτηνής σε απόσταση 4 χλμ. περίπου στο δρόμο Κομοτηνής-Οχυρού Νυμφαίας.
Αποτελεί χώρο περιπάτου και άθλησης για τους κατοίκους της Κομοτηνής. Υπάρχει Τουριστικό Περίπτερο του Δήμου Κομοτηνής. Δεν υπάρχει παρατηρητήριο. Στην περιοχή υπάρχει μόνο στρατιωτικό παρατηρητήριο.