Στο τέλος της 2ης χιλιετίας Π.Χ. οι Ίωνες εξαπλώθηκαν στη δυτική ακτή της Μικράς Ασίας και κατέλαβαν τα νησιά του Αιγαίου έτσι και η Ίος, που οφείλει το όνομά της ενώ η προηγούμενη γνωστή ονομασία της ήταν Φοινίκη, από τους Φοίνικες που επίσης την κατοίκησαν. Άλλοι συνδέουν την ονομασία Ίος με την Φοινικική ή Εβραϊκή λέξη “Ιόν” η οποία σημαίνει πέτρες.

Η επικρατέστερη ως ορθότερη άποψη σήμερα, αναφέρει ότι κατά την αρχαιότητα φύτρωναν στο νησί πολλά Ία, κι έτσι πήρε από αυτά και το όνομα της η Ίος ή Νιος όπως είναι η παραφθορά του ονόματος. Αυτό επικράτησε και γενικεύτηκε μέχρι τις μέρες μας. Η μοναδική περίοδος που το νησί φέρει άλλο όνομα ήταν επί Τουρκοκρατίας, όπου ονομαζόταν ” Αίνε” ή ” Άνζα “.

Στους αρχαίους χρόνους στο νησί λατρεύονταν ο Ζευς Πολιεύς, η Αθηνά Πολιάς και ο Πύθιος Απόλλωνας του οποίου ο ναός βρισκόταν άλλοτε στη θέση που σήμερα βρίσκεται η εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης. Η Ίος θεωρείται ακόμη πατρίδα της μητέρας του Ομήρου Κλυμαίνης ενώ ο τάφος του μεγάλου ποιητή βρίσκεται στη θέση Πλακωτός.

Η Ίος κατοικείται από τα προϊστορικά χρόνια. Λόγω της γεωγραφικής της θέσης, είναι ένα από τα νοτιότερα νησιά των Κυκλάδων και βρίσκεται σε στρατηγικό σημείο στο θαλάσσιο δρόμο προς τη Κρήτη και τη νότια Ασία, έπαιξε καθοριστικό ρόλο στην εξέλιξη του Κυκλαδικού πολιτισμού. Τα αρχαιολογικά ευρήματα στο λόφο του Σκάρκου φανερώνουν την ύπαρξη πρωτοκυκλαδικού οικισμού στην Ίο.

 Στη Ίο βρίσκεται ο τάφος του Ομήρου, του διασημότερου ποιητή της αρχαιότητας και δημιουργού των επικών έργων Ιλιάδα και Οδύσσεια. Σύμφωνα με την παράδοση η μητέρα του Ομήρου καταγόταν από την Ίο. Γι’ αυτό και ο ποιητής πέθανε στο νησί. Βέβαια υπάρχει και μια άλλη εκδοχή σύμφωνα με την οποία ο Όμηρος δεν έλυσε το αίνιγμα που του έθεσαν οι ντόπιοι κι έτσι των θανάτωσαν. Στη θέση Πλακωτό, στη βόρεια πλευρά του νησιού, πάνω στο λόφο λέγεται ότι βρίσκεται ο τάφος του ποιητή.

Η ιστορική πορεία της Ίου, σε γενικές γραμμές ήταν παρόμοια με των υπολοίπων νησιών, που ανήκουν στις Κυκλάδες. Το νησί της Νιός, αρχικά δέχτηκε στα εδάφη του, την επίδραση των μεταναστών από την Μ. Ασία (3200-2700 Π.Χ.) και κατόπιν είδε τις αχτίδες του Μινωικού πολιτισμού (2000-1500 Π.Χ.) να θάβονται κάτω από την λάβα του ηφαιστείου της Σαντορίνης. Γύρω στα 1100 Π.Χ. Δωριείς και Ίωνες φτάνουν στο νησί και μάλιστα από τους Ίωνες το νησί έλαβε το όνομά του. Στη συνέχεια η Ίος έγινε μέλος της αθηναϊκής συμμαχίας και στις αρχές του 13 Μ.Χ. αιώνα κατακτήθηκε από τους Ενετούς, αφού είχαν περάσει οι Μακεδόνες, Πτολεμαίοι και Ρωμαίοι, με σημαντική περίοδο γύρω στα 1397 μ. Χ. όταν ο Διοικητής του νησιού με τείχη κάστρου, ερείπια των οποίων και σήμερα υπάρχουν, προκειμένου να προφυλαχθούν οι κάτοικοι από τις άγριες επιδρομές των πειρατών. Σπουδαία παρουσία και ισχυρή πόλη διέθετε η Ίος την κλασική και την ελληνιστική εποχή. Η παρακμή της ξεκινάει με την Ρωμαϊκή κατοχή που ορίζεται και ως τόπος εξορίας κάτι που συνεχίζεται και στα βυζαντινά χρόνια. Μια μικρή ανάκαμψη έρχεται για την Ίο την εποχή του Δουκάτου της Νάξου, αλλά η τουρκοκρατία την διακόπτει.

Στις αρχές του 15ου αιώνα ο Μάρκος Κρίσπος εποίκησε το νησί με Αλβανούς λόγω έλλειψης εργατικού δυναμικού. Τα χρόνια της Τουρκοκρατίας η Ίος ήταν άντρο Γάλλων πειρατών οι οποίοι μάλιστα το 1668 στην θαλάσσια περιοχή Μπουρλότο νίκησαν τον τουρκικό στόλο.

Το 1537 τελικά, η Νιος πέφτει στα χέρια των Τούρκων και αρχίζει περίοδος βαριάς φορολογίας για το νησί, όπως και τα υπόλοιπα, υπό κυριαρχία, Κυκλαδονήσια. Το νησί, εξακολούθησε να υποφέρει από επιθέσεις πειρατών. Οι Τούρκοι κατακτητές χαρακτήριζαν το νησί Μικρή Μάλτα λόγω της Απόλυτης ασφάλειας που προσέφερε το φυσικό του λιμάνι.

  Παρά την Τουρκική κυριαρχία, τα Κυκλαδονήσια απολάμβαναν μια σχετική, αυτονομία, και μάλιστα το 1774 δώθηκαν ειδικά προνόμια, σχετικά με την ναυτιλία και το εμπόριο, με τη συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζί, έως το 1821, οπότε και ξεκίνησε η Ελληνική Επανάσταση που οδήγησε στην απελευθέρωση του Έθνους. Ο Τουρνεφόρ αναφέρει το 1700 πως στο νησί κατοικούσαν εκτός των Ελλήνων αρκετοί Αλβανοί ή Αρβανίτες (απόγονοι εποίκων του 1579) και ξένοι πειρατές. Η Ίος παρόλο που δεν διέθετε ισχυρή ναυτική δύναμη ήταν από τα πρώτα νησιά που ύψωσαν την επαναστατική σημαία το 1821. Η Ίος συμμετείχε στη ναυμαχία στο Κουσαντάσι στις 9 Ιουλίου του 1821, όπως και στη Β’ Εθνοσυνέλευση στο Άστρος το 1823 και στη Γ’ Εθνοσυνέλευση στην Τροιζήνα το 1827. Στην τελευταία αυτή περίοδο, ο Σπυρίδων Βαλέτας (1718-1843) τέκνο της Ίου και Φιλικός, διακρίθηκε στον Αγώνα και μάλιστα υπήρξε ο πρώτος Υπουργός Παιδείας του Έθνους, και μεγάλος Ευεργέτης του νησιού.

 Στο νεοελληνικό κράτος η Ίος παρέμεινε ένα άγονο νησί που οι λιγοστοί κάτοικοι του πάλευαν να επιβιώσουν με την μικρής έκτασης καλλιεργούμενη γη, την κτηνοτροφία και μερικά ορυκτά που διέθετε το υπέδαφος του νησιού. Σε νέα εποχή αρχίζει να περνάει το νησί από την δεκαετία του 70 καθώς όλο και περισσότερο αναδεικνύεται σε δημοφιλή τουριστικό προορισμό για τους νέους της Ευρώπης. Σήμερα η Ίος διατηρεί την φήμη της ως το νησί των νέων και της διασκέδασης, αλλά διαθέτει και άρτιες τουριστικές υποδομές, οργανωμένη μαρίνα και πολύ καλό οδικό δίκτυο. Πράγμα που την βάζει με τους καλύτερους οιωνούς στην νέα εποχή.

  Ξεχωριστή μνεία πρέπει να γίνει στον μεγαλύτερο επικό ποιητή όλων των εποχών, τον Όμηρο, ο οποίος τον 8ο αιώνα Π.Χ. συνέθεσε την Ιλιάδα και την Οδύσσεια. Στην περιοχή Πλακωτός υπάρχει ο τάφος του, μια που ο ποιητής άφησε στην Ίο την τελευταία του πνοή, πέθανε στην Ίο μην μπορώντας να λύσει το αίνιγμα που του έθεσαν ψαράδες στην περιοχή Πλακωτού. Η μητέρα του Κλιμένη γεννήθηκε και πέθανε στην Ίο. Αναφέρουμε δε αρχαίο νόμισμα, του οποίου μόνο έξι αντίγραφα υπάρχουν, και απεικονίζεται ο Όμηρος στη μια πλευρά, ενώ στην άλλη αναγράφεται η λέξη ΙΗΤΩΝ περιβεβλημένη με δάφνες. Σχετική είναι και η αναφορά στον μήνα ΟΜΗΡΕΩΝ του Αρχαίου Νιώτικου Ημερολογίου, όπως αναγράφεται σε μαρμάρινη πλάκα που βρίσκεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Ίου.