Ο Υγροβιότοπος της λίμνης  Βιστονίδας   προστατεύεται από την διεθνή  Συνθήκη  Ραμσάρ με βάση την Οδηγία 79/409 της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την Προστασία της Ορνιθοπανίδας.   

Μαζί με το δέλτα του ποταμού Νέστου, που εκτείνεται στα δυτικά, οι λίμνες Βιστονίδα και Ισμαρίδα συνθέτουν το Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.

Η λίμνη Βιστονίδα δεσπόζει στην περιοχή με την μεγάλη της έκταση. Το εμβαδόν της φτάνει τα  42.000 στρέμματα. Βέβαια, ανάλογα με τις εποχές, το εμβαδόν αυτό άλλοτε αυξάνεται και άλλοτε μειώνεται. Οι διαφορές του φτάνουν σχεδόν τα 6.000στρέμματα. Τα βάθη της μεγάλης λίμνης είναι μικρά. Το μέγιστο αγγίζει τα 3 μέτρα και το μέσο κυμαίνεται από 2 ως 2,5 μέτρα. Γύρω τριγύρω απλώνονται, σε σημαντική έκταση, οι ελώδεις περιοχές. Τα νερά της λίμνης έχουν επιλέξει για να ζουν ένα πλήθος από φυτά, όπως η μικρότατη φακή του νερού (Lemna minor),που έχει μόλις μια ρίζα, το νεροκάστανο (Trapa natans), ο ποταμογείτονα (Potamogeton sp.), το σταχυόφυλλο ή μυριόφυλλο (Myriophyllum sp.). Ορισμένα από τα φυτά της λίμνης ζούν βυθισμένα στο νερό, ενώ άλλα βρίσκονται στην επιφάνεια, είτε πλέοντας ελεύθερα είτε ριζωμένα στον πυθμένα.

Η ιδιαιτερότητα της λίμνης είναι ότι το νερό παρουσιάζει μεταβολές στην περιεκτικότητα αλάτων. Το Βόρειο τμήμα της λίμνης έχει γλυκά νερά από τις εισροές τριών ποταμών: του Κόσυνθου ή ποταμού της Ξάνθης, του Κομψάτου ή Ξηροπόταμου  και του Τραύου ή Ασπροπόταμου. Το Νότιο τμήμα της λίμνης έχει αλμυρά νερά τα οποία  έρχονται από τη θάλασσα μέσω τριών καναλιών που συνδέονται με τη λίμνη.

Έτσι, το νερό της λίμνης μεταβάλλεται σταδιακά σε υφάλμυρο. Η περιεκτικότητά του σε αλάτι διαφέρει από τόπο σε τόπο ανάλογα με το πώς μετακινούνται τα νερά από και προς τη λίμνη. Το γεγονός ότι μεταβάλλεται η περιεκτικότητα σε αλάτι οδηγεί στην ποικιλομορφία των συνθηκών περιβάλλοντος στο οποίο προτιμούν να διαβιώνουν  διάφορα είδη πανίδας αλλά και χλωρίδας.  Αυτός είναι κι ο λόγος που εδώ θα συναντήσουμε πουλιά που τους αρέσουν τα γλυκά νερά, όπως οι ερωδιοί : πορφυροτσικνιάς (Ardea purpurea), κρυπτοτσικνιάς (Ardeola ralloides) και ο νυχτοκόρακας (Nycticorax nycti-corax).Οι ερωδιοί : σταχτοτσικνιάς (Ardea cinerea), αργυροτσικνιάς (Egretta alba) και λευκοτσικνιάς (Ergetta garzetta) βρίσκονται συνήθως στα υφάλμυρα νερά της λίμνης ενώ στα αλμυρά νερά  ψαρεύουν διάφορα πουλιά όπως ο κορμοράνος (Phalacrocorax carbo sinensis).

Η λίμνη Βιστονίδα είναι ένας φιλόξενος τόπος για τα πουλιά που περνούν από τη χώρα μας μεταναστεύοντας. Εδώ θα σταθμεύσουν για να ξεκουραστούν αφρόπαπιες και βουτόπαπιες σε σημαντικούς αριθμούς. Εδώ θα σταθεί και η λεπτομύτα (Numeniuw tenuirostris), ένα από τα πιο σπάνια και απειλούμενα με εξαφάνιση πουλιά σε ολόκληρο τον κόσμο. Τα τελευταία χρόνια εμφανίζεται για να ξεχειμωνιάζει ένας μικρός πληθυσμός από κεφαλούδια (Oxyura leucocephala), είδος που κι αυτό απειλείται από παγκόσμια κλίμακα.

Στα νερά της λίμνης λικνίζονται οι μαύρες φιγούρες των φαλαρίδων (Fulica atra) και καθρεφτίζονται οι εντυπωσιακές μορφές των κύκνων (Cygnus olor) και των πελεκάνων (Pelecanus crispus, Pelecanus onocrotalus).

Εικόνες ευδαιμονίας. Εικόνες χαρμόσυνες που πιστοποιούν πως η ζωή συνεχίζει να διεκδικεί την παρουσία της στους τόπους όπου όρισε η φύση.

Άνοιξη και φθινόπωρο ο χώρος σφύζει από ζωή: καταφθάνουν κατά χιλιάδες τα υδρόβια και τα παρυδάτια πουλιά.

Εδώ θα βρουν καταφύγιο, καλό για ανάπαυση και τροφή. Ίσως η λίμνη να είναι ο πιο σημαντικός τακτικός σταθμός στην Ελλάδα για διάφορα είδη από χήνες, όπως η νανόχηνα (Anser erythropus), είδος που απειλείται σε παγκόσμια κλίμακα, η ασπρομετωπόχηνα (Anser albifrons) και η σταχτόχηνα ( Anser anser). Ειδικά για τη σταχτόχηνα, η λίμνη είναι σίγουρα ένας από τους ελάχιστους πια υγρότοπους όπου αυτή φωλιάζει.

Ο χλωρός τάπητας που υφαίνουν πυκνά-πυκνά τα φυτά που επιπλέουν στην επιφάνεια της λίμνης, όπως τα νούφαρα (Numphaea alba, Numphaea lutea) και τα νεροκάστανα, φιλοξενεί τις φωλιές ορισμένων σπάνιων ειδών από πουλιά, όπως το μουστακογλάρονο (Chlidonias hybridus) και το μαυρογλάρονο (Chlidonias niger).

Τόσο οι καλαμώνες που στεφανώνουν τις όχθες, όσο και το παραλίμνιο δάσος με τις λεύκες, στα βορινά, αποτελούν αξιόλογα ενδιαιτήματα για τα πουλιά. Ανάμεσα στον πραγματικά μεγάλο αριθμό των φτερωτών κατοίκων της λίμνης, συγκαταλέγονται σπάνια και απειλούμενα είδη, όπως η χαλκόκοτα (Plegadis falcinellus), η βαλτόπαπια (Αythya nyroca) κι η λαγγόνα (Phalacrocorax pygmaeus).

Η Λάφρη και η Λαφρούδα είναι αβαθείς και λασπώδεις, με νερό υφάλμυρο μιας και μέσα από στενά περάσματα επικοινωνούν συνεχώς με τη θάλασσα. 

Το βάθος τους δεν παραμένει πάντοτε σταθερό αλλά ποικίλλει ανάλογα με τη διεύθυνση και την ένταση των ανέμων. 

Στο νότιο τμήμα της Λάφρης έχει σχηματιστεί μία νησίδα με μόλις μισό μέτρο ύψος. Στα βορινά της ίδιας λιμνοθάλασσας υψώνουν το ανάστημά τους δύο λόφοι, ο Πύργος και ο Πετρόλοφος.

Ο φτερωτός κόσμος των πουλιών είναι χωρίς αμφιβολία αυτός που κυριαρχεί με τους εντυπωσιακούς αριθμούς των πληθυσμών και τη μεγάλη ποικιλία των ειδών του. Σχεδόν 300 είναι τα είδη που έχουν καταμετρηθεί μέχρι σήμερα. Απ’ αυτά άλλα είναι μόνιμοι κάτοικοι, άλλα ξεχειμωνιάζουν, ενώ υπάρχουν και πολλά που μόνο αναπαύονται εδώ κατά το κοπιαστικό ταξίδι της μετανάστευσης. 

Ανάμεσα στο πλήθος αυτό των ειδών περιλαμβάνονται και είδη τα οποία σύμφωνα με τις καταγραφές του Κόκκινου Βιβλίου των Απειλουμένων Σπονδυλοζώων της Ελλάδας είναι:
-Κινδυνεύοντα με άμεση εξαφάνιση, όπως ο αργυροπελεκάνος (Pelecanuw crispus), η λεπτομύτα, η καστανόπαπια (Tadorna ferruginea), ο ροδοπελεκάνος, η χουλιαρομύτα (Platalea leucorodia) και χαλκόκοτα, και κινδυνεύοντα, όπως η λαγγόνα, η αγκαθοκαλημάνα (Hoplopterus spinosus),  ο αργυροτσικνιάς, η σταχτόχηνα, το κεφαλούδι, ο μαυροπελαργός (Ciconia nigra). 

-Τρωτά, όπως η βαλτόπαπια και η βαρβάρα (Tadorna tadorna), ο πορφυροτσικνιάς, το νεροχελίδονο, το μουστακογλάρονο, ο καλαμοκανάς και η αβοκέτα, και αρπακτικά, όπως ο ασπροπάρης (Hieraaetus pennatus). 

-Σπάνια, όπως το φοινικόπτερο και η αετογερακίνα (Buteo rufinus). Από ό,τι φαίνεται η φύση έχει προικίσει τον τόπο με χαρίσματα τέτοια που του επιτρέπουν ν’ αποτελεί καταφύγιο και ενδιαίτημα για την άγρια ζωή.

Στην περιοχή των υγροτόπων υπάρχουν δύο εκτάσεις με αλυκές για την απόληψη αλατιού: η μία βρίσκεται στα βορινά του Πόρτο Λάγος, στην κοινότητα της Νέας Κεσσάνης, και η άλλη στα βορινά της λιμνοθάλασσας Αλυκή ή Μέση, στην κοινότητα της Μέσης. 

Γύρω από λεκάνες όπου η περιεκτικότητα του νερού σε αλάτι δεν είναι μεγάλη, φυτρώνουν φυτά ειδικά προσαρμοσμένα στο αντίξοο αυτό περιβάλλον, ανθεκτικά στο αλάτι. Στις πολύ αλμυρές, όμως, λεκάνες δεν επιζεί παρά μόνο ένα μικρότατο καρκινοειδές, η αρτέμια των αλυκών (Artemia salina). 

Οι αλυκές, παρόλο που σε μεγάλο βαθμό είναι ιδιόμορφοι υγρότοποι δημιουργημένοι από τον άνθρωπο, έχουν πολύ μεγάλη οικολογική αξία κυρίως γιατί προσφέρουν τροφή και καταφύγιο σε διάφορα σημαντικά είδη πουλιών. Στους χώρους αυτούς με τη δεσπόζουσα παρουσία του αλατιού, θα συναντήσουμε την αβοκέτα, τον καλαμοκανά και την σπάνια αγκαθοκαλημάνα. Τριγυρνούν γύρω από τις αλμυρές λίμνες στα ανατολικά και στα νότια των αλυκών.