Το Δεσποτικό ή Επισκοπή, δεν είναι το μοναδικό νησί της Συστάδας της Αντιπάρου με πλούσιο αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Δίπλα στο Δεσποτικό βρίσκονται το Τσιμιντήρι και το Στρογγυλό, ενώ στη νησίδα Σάλιαγκος, βόρεια του ισθμού μεταξύ Πάρου και Αντιπάρου, ανακαλύφθηκε ο πρώτος οικισμός των Κυκλάδων.
Το Δεσποτικό ταυτίζεται με την αρχαία Πρεπέσινθο, όπως πληροφορούμαστε από τον αρχαίο Έλληνα ιστορικό και γεωγράφο Στράβωνα και τον Πλίνιο, Ρωμαίο ιστοριογράφο και φιλόσοφο. Τις πρώτες ανασκαφικές έρευνες διενήργησε τον 19ο αιώνα ο Χρήστος Τσούντας, ο οποίος ανακάλυψε στην περιοχή πρωτοκυκλαδικά νεκροταφεία. Το 1959 έγινε ανασκαφή από τον Νίκο Ζαφειρόπουλο στις θέσεις Ζουμπάρια και Μάντρα, στη Βορειοανατολική ακτή του νησιού, όπου εντοπίστηκαν αρχιτεκτονικά μέλη, δωρικού ναού αρχαϊκών χρόνων. Τα εν λόγω ευρήματα χρονολογούνται γύρω στο 500 π. Χ.
Από το 1997 η ανασκαφική έρευνα στη θέση Μάντρα, που διενεργείται από τον αρχαιολόγο της αρχαιολογικής υπηρεσίας κ. Γιάννο Κουράγιο έφερε στο φως ένα μεγάλο μέρος των βοηθητικών χώρων ενός ιερού. Συγκεκριμένα, αποκαλύφθηκε ένα επίμηκες κτιριακό συγκρότημα με κατεύθυνση Β-Ν, αποτελούμενο από πέντε συνεχόμενα παράλληλα δωμάτια. Ο δυτικός τοίχος του κτιρίου αποκαλύφθηκε σε μήκος 35 μέτρων και έχει μέγιστο (σωζόμενο) ύψος 1,70 μ.
Τα τρία δωμάτια της βόρειας πλευράς αποτελούν αυτοτελή οικοδομική ενότητα, χάρη στο μεγάλο προστώο δωρικού ρυθμού, που υπάρχει κατά μήκος τους, με στυλοβάτη, μήκους 18 μ. που φέρει τις εδράσεις των δωρικών κιόνων. Τα δύο δωμάτια της νότιας πλευράς είναι κατασκευασμένα σε χαμηλότερο επίπεδο. Είναι τετράγωνα, περίπου ίδιων διαστάσεων 8μ Χ 8μ., με εισόδους στην δυτική πλευρά και ένα είδος κλειστού προδόμου 17 μέτρων, στα ανατολικά τους. Η είσοδος του προδόμου ήταν στο κέντρο, ανάμεσα στις δύο εισόδους των δωματίων.
Η διατήρηση των προσόψεων του κτιρίου είναι εξαιρετική, σώζονται δύο σειρές μαρμάρινων δόμων σε ισοδομικό σύστημα πάνω σε ευθυντηρία από μεγάλες πλάκες σχιστόλιθου.
Η σταδιακή απομάκρυνση της μάντρας και το γκρέμισμά της αποκάλυψε 520 νέα αρχιτεκτονικά μέλη, σπόνδυλους, κιονόκρανα, τρίγλυφα, τμήματα γείσων, κ.ά.
Νοτιοανατολικά αποκαλύφθηκε μια πληθώρα μεταγενέστερων κτιρίων, για τα οποία έχουν χρησιμοποιηθεί αρχιτεκτονικά μέλη του δωρικού ναού .Η αποκάλυψη αυτών των ύστερων κτιρίων επιβεβαιώνει τη χρήση του χώρου στη Μεσαιωνική εποχή. Στα βαθύτερα στρώματα κάτω από τα μεσαιωνικά κτίσματα αποκαλύφθηκε η συνέχεια του νότιου τοίχου του αρχαϊκού συγκροτήματος, μήκους 60 μέτρων, που σχηματίζει ένα είδος περιβόλου σε σχήμα γάμα.
Στό νότιο δωμάτιο του αρχαϊκού κτηρίου Α, κάτω από το δάπεδο, βρέθηκαν σημαντικότατα κινητά ευρήματα από διάφορα υλικά αρχαϊκών χρόνων ανατολικοϊωνικής, ροδιακής, κυπριακής και αιγυπτιακής προέλευσης.
Είναι πιθανό τα ευρήματα αυτά, τα οποία χρονολογικά καλύπτουν σχεδόν όλο το φάσμα της αρχαϊκής εποχής, να τοποθετήθηκαν κάτω από τις πλάκες του νέου δαπέδου του δωματίου κατά την ανακαίνιση του ναού σε μια δεύτερη φάση της αρχαϊκής περιόδου. Ήρθαν στο φως πρωτοκορινθιακοί και κορινθιακοί αρύβαλλοι, αλάβαστρα, κοτύλες, δακτυλιόσχημοι αρύβαλλοι, πήλινα ειδώλια, διάφορα αντικείμενα και αγαλματίδια από φαγεντιανή, σφραγιδόλιθοι από ημιπολύτιμες πέτρες, χάλκινες και ελεφαντοστέινες οκτώσχημες πόρπες, ένα αυγό στρουθοκαμήλου, λίθινες, γυάλινες και χρυσές χάντρες, σιδερένια, χάλκινα, αργυρά και μολύβδινα αντικείμενα, όπως εγχειρίδια, ξίφη και πολλά γεωργικά εργαλεία. Αξιόλογοι οι αρύβαλλοι με μορφές ζώων κόκκορα, λαγού, ένας με μορφή γεννητικών οργάνων και ένα σπάνιο ρυτό σε μορφή λεοντοκεφαλής. Μοναδικό εύρημα αποτελεί το ειδώλιο μεγάλων διαστάσεων γυναικείας θεότητας Δαιδαλικής τεχνοτροπίας, το οποίο χρονολογείται γύρω στο 680-660 π.Χ..
Στο χώρο της ανασκαφής έχουν βρεθεί πολλά μαρμάρινα μέλη γλυπτών, αρχαϊκές κεφαλές κούρων ,κορμός γυμνού ανδρικού αγάλματος τμήμα ενεπίγραφου περιρραντηρίου αρχαϊκής εποχής, με την επιγραφή “Μάρδης ανέθηκεν”.Σπουδαιότατο εύρημα αποτελεί ο κτιστός μαρμάρινος τετράγωνος βωμός, αφιερωμένος στην ΕΣΤΙΑ ΙΣΘΜΙΑ, κλασικών χρόνων .Μαρτυρία για μία από τις λατρευόμενες θεότητες. Παράλληλα μας δίνει το τοπωνύμιο του ακρωτηρίου όπου βρίσκεται το ιερό “ΙΣΘΜΟΣ” και επιβεβαιώνει την ύπαρξη ισθμού. Συνολικά αποκαλύφθηκαν εκτός από το κτίριο Α άλλα πέντε κτίρια. Το κτίριο Γ πρόκειται για ένα μεγάλο ορθογώνιο διμερές κτίριο με φορά Β -Ν, διαστάσεων 12,5Χ10μ., που χωρίζεται σε δύο, ιδίων διαστάσεων, δωμάτια, και χρονολογείται στο τέλος του 6ου αι. π.Χ.. Σε απόσταση 5 μέτρων από το κτίριο Γ, σε περίοπτη θέση, βρίσκεται το κτίριο Β, διαστάσεων 20 μέτρων.
Στο χώρο έξω από τη σύγχρονη μάντρα – που έχει διατηρηθεί, για λόγους προστασίας του ήδη ανασκαμμένου κτιρίου Α – βρέθηκε το κτίριο Ε. Έχει φορά Α-Δ και διατηρεί δάπεδα από κονίαμα. Χρονολογείται στην πρώϊμη ελληνιστική περίοδο. Οι διαστάσεις του κτιρίου δεν είναι δυνατόν προς το παρόν να προσδιοριστούν. Τέλος, στα ανατολικά του κτιρίου Ε, αποκαλύφθηκε άλλο ένα κτίριο μεγάλων διαστάσεων, που ονομάσθηκε κτίριο Ζ. Η χρήση του κτιρίου θα πρέπει να χρονολογηθεί στους ύστερους κλασικούς-πρώϊμους ελληνιστικούς χρόνους.
Η ανακάλυψη πέντε ενεπίγραφων οστράκων, που χρονολογούνται από τον 6ο έως τον 3ο αι. π.Χ. με την επιγραφή “ΑΠΟΛΛ” ενισχύει την άποψη ότι πρόκειται για ιερό αφιερωμένο στον Απόλλωνα. Οι μεγάλες ομοιότητες που παρουσιάζουν τα κινητά ευρήματα και τα αρχιτεκτονικά μέλη του Δεσποτικού με εκείνα του ιερού του Δηλίου της Πάρου, που ήταν αφιερωμένο στον Απόλλωνα και την Άρτεμη, οδηγούν στην υπόθεση ότι πρόκειται για ιερό αφιερωμένο στη λατρεία των δύο αυτών θεοτήτων.
Ως γνωστό η λατρεία του Απόλλωνα ήταν από τις πλέον διαδεδομένες στις Κυκλάδες, το μεγαλύτερο κέντρο λατρείας του Απόλλωνα ήταν η Δήλος. Κατά την παράδοση, υπήρχαν συνολικά 22 δευτερεύοντα μικρότερα και πιο λιτά ιερά. Ένα από αυτά ήταν, όπως φαίνεται, και το ιερό του Δεσποτικού.
Μέχρι στιγμής η κάτοψη του ναού δεν είναι δυνατόν να προσδιοριστεί, εφ’ όσον δεν έχουν αποκαλυφθεί ως τώρα τα θεμέλια, τα οποία κατά πάσα πιθανότητα βρίσκονται στην ανατολική πλευρά ή μέσα στο Γάμα που σχηματίζει το αρχαϊκό κτίριο Α.
Το ιερό του Δεσποτικού αποτελεί μία μοναδική περίπτωση στο χώρο του Αιγαίου. Σε ένα από τα ωραιότερα και ιδιαιτέρης φυσικής ομορφιάς ακατοίκητα και παρθένα μικρά νησιά του Αιγαίου βρίσκεται ένα μοναδικό ανέπαφο αρχαϊκό ιερό, το οποίο λειτουργούσε από τον 7 αι.π..Χ έως και τα Ρωμαϊκά χρόνια.